Muchas empresas que aplican las deducciones por I+D+i en el Impuesto sobre Sociedades descubren, años después, que la Administración cuestiona su cálculo o incluso su procedencia durante una comprobación tributaria. No se trata, casi nunca, de que la actividad desarrollada no fuera merecedora de la deducción, sino de que el soporte documental y el proceso de cálculo presentaban debilidades que, en el momento de aplicar el incentivo, pasaron desapercibidas. En este artículo repasamos, desde una perspectiva práctica orientada a la prevención de riesgos, las claves que marcan la diferencia entre una deducción sólida y una deducción vulnerable, así como los errores más frecuentes que observamos en la práctica profesional durante 2026.
Clave uno: distinguir con precisión entre I+D, innovación tecnológica y actividad ordinaria
El primer punto de fricción con la Administración surge, en la mayoría de los casos, de una calificación demasiado generosa de la actividad desarrollada. No toda mejora de un producto o proceso constituye innovación tecnológica a efectos fiscales, y no toda innovación tecnológica alcanza el grado de novedad exigido para calificarse como investigación y desarrollo propiamente dicha. Las empresas que aplican sistemáticamente el porcentaje más alto —el correspondiente a la I+D— sin haber verificado rigurosamente que su actividad cumple los requisitos de novedad científica o tecnológica exigidos se exponen a una regularización significativa, con la consiguiente sanción e intereses de demora.
La forma más eficaz de mitigar este riesgo consiste en clasificar cada proyecto, desde su inicio, dentro de la categoría que corresponda, apoyándose en un informe técnico elaborado por profesionales con conocimiento tanto de la actividad desarrollada como de los criterios de calificación fiscal aplicables.
Clave dos: la trazabilidad documental como columna vertebral de la deducción
- Memoria técnica de cada proyecto, redactada de forma contemporánea a su desarrollo, no reconstruida a posteriori.
- Registro horario del personal investigador que permita acreditar la dedicación real a cada proyecto calificado.
- Contabilidad analítica que separe con claridad los costes de cada proyecto de los gastos generales de la empresa.
- Conservación de contratos, facturas y demás soporte documental de colaboraciones externas y subcontrataciones.
Deducciones por I+D+i en el Impuesto sobre Sociedades: errores más frecuentes detectados en comprobaciones
La experiencia acumulada en la defensa de este tipo de deducciones frente a la Agencia Tributaria permite identificar un patrón recurrente de errores. En primer lugar, la ausencia de informe motivado vinculante o de acuerdo previo de valoración en proyectos de importe elevado, lo que traslada íntegramente a la empresa la carga de acreditar la calificación técnica de la actividad en caso de comprobación, sin el respaldo de un pronunciamiento previo de un organismo especializado. En segundo lugar, la imputación de gastos de personal directivo o comercial a los proyectos de I+D+i sin que exista una vinculación real y acreditada de sus funciones con la actividad investigadora. En tercer lugar, la aplicación del incremento del porcentaje de deducción por exceso de inversión sin haber calculado correctamente la media de los dos ejercicios anteriores, lo que puede llevar a aplicar un porcentaje superior al que legalmente corresponde.
Un cuarto error frecuente consiste en no actualizar la calificación de un proyecto a lo largo de su desarrollo: un proyecto que comienza como investigación aplicada puede, en fases posteriores, convertirse en desarrollo o incluso en actividad de producción ordinaria no deducible, y mantener la calificación inicial durante toda su vida sin revisarla periódicamente puede llevar a deducir gastos que ya no corresponden a actividad calificada.
El papel del informe pericial tributario en la defensa de la deducción
Cuando la Agencia Tributaria inicia una comprobación sobre una deducción por I+D+i ya aplicada, la defensa de la empresa se juega, en gran medida, en la capacidad de acreditar de forma técnica y rigurosa que la actividad desarrollada cumple los requisitos exigidos. En este contexto, un informe pericial elaborado por profesionales especializados —que combine el análisis técnico de la actividad con su encaje en los criterios fiscales aplicables— puede resultar determinante para sostener la deducción ante los órganos de inspección y, en su caso, ante los tribunales económico-administrativos o la jurisdicción contencioso-administrativa.
Este tipo de informe cobra especial relevancia cuando la empresa no solicitó en su momento un informe motivado vinculante, ya que permite reconstruir, con el mayor rigor técnico posible, la justificación de la calificación aplicada en su día, aportando un elemento de prueba cualificado frente a las conclusiones alcanzadas por el equipo de inspección.
Cuándo conviene anticiparse con un informe pericial preventivo
No es necesario esperar a que se inicie una comprobación para valorar la conveniencia de un informe pericial tributario: en proyectos de I+D+i de importe elevado, o en aquellos casos en los que la calificación de la actividad resulte especialmente compleja o discutible, contar con este tipo de informe desde el momento de aplicar la deducción proporciona una capa adicional de seguridad jurídica, reduciendo significativamente el riesgo de una regularización futura y facilitando, en caso de comprobación, una respuesta ágil y bien fundamentada.
Planificación integral: más allá del cálculo aritmético de la deducción
Una gestión verdaderamente sólida de las deducciones por I+D+i no se limita a calcular correctamente el porcentaje aplicable, sino que integra esta tarea dentro de un proceso continuo de identificación de proyectos, documentación técnica, seguimiento contable y revisión periódica de los créditos fiscales generados y pendientes de aplicar. Las empresas que adoptan este enfoque integral no solo reducen su exposición a comprobaciones desfavorables, sino que además suelen identificar oportunidades de deducción que, de otro modo, pasarían desapercibidas por falta de un seguimiento sistemático de su actividad innovadora.
La interacción con las bonificaciones a la contratación de personal investigador
Otro aspecto que suele analizarse de forma insuficiente es la compatibilidad y coordinación entre la deducción por I+D+i en el Impuesto sobre Sociedades y otros incentivos vinculados a la misma actividad, como la bonificación en la cotización a la Seguridad Social del personal investigador. Aunque ambos incentivos persiguen fomentar la inversión en I+D+i, operan sobre bases y mediante mecanismos distintos, y su aplicación simultánea exige un análisis cuidadoso para evitar duplicidades no permitidas o, por el contrario, dejar de aprovechar beneficios compatibles por desconocimiento de su interacción. Las empresas que gestionan de forma aislada cada incentivo, sin una visión de conjunto de la fiscalidad de su actividad investigadora, suelen dejar sobre la mesa un ahorro fiscal relevante o, en el peor de los casos, incurren en aplicaciones incorrectas que generan contingencias en varios frentes a la vez.
Por ello, resulta recomendable que la revisión de las deducciones por I+D+i se realice de forma coordinada con el resto de incentivos fiscales y laborales asociados a la actividad innovadora de la empresa, evitando análisis compartimentados que, aunque correctos individualmente, no ofrecen una visión completa del riesgo y del ahorro fiscal potencial disponible para la empresa en su conjunto.
En definitiva, la sostenibilidad de estas deducciones a largo plazo depende menos de la sofisticación del cálculo puntual del ejercicio y más de la existencia de procesos internos estables: identificación temprana de proyectos susceptibles de calificación, documentación contemporánea y de calidad, revisión periódica de la calificación técnica a medida que avanza cada proyecto, y una visión conjunta de todos los incentivos disponibles. Las empresas que institucionalizan estos procesos, en lugar de abordar la deducción como una tarea puramente contable de cierre de ejercicio, son las que logran sostener con mayor solidez el beneficio fiscal obtenido a lo largo del tiempo, incluso ante comprobaciones prolongadas o especialmente exigentes por parte de la Administración tributaria.
¿Cómo puede ayudarte LRB Tax & Legal / ValiTax?
Ante la complejidad técnica y documental que exige sostener con solidez una deducción por I+D+i, contar con un informe pericial tributario elaborado por especialistas permite reforzar la defensa de la deducción aplicada, tanto de forma preventiva como en el marco de una comprobación ya iniciada por la Administración tributaria.
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